Հենրիխ Մխիթարյանը ծնվել է ֆուտբոլային ընտանիքում: Հայրը եղել է Հայաստանի հավաքականի ճանանչված ֆուտբոլիստ Համլետ Մխիթարյանը: 7 տարեկան հասակում Ֆրանսիայից ընտանիքի հետ վերադարձել է Հայաստան և ընտրել ֆուտբոլային կարիեռան: Հենրիխ Մխիթարյանը Հայաստանի հավաքականի լավագույն ռմբարկուն է, իսկ 2015թ.Ռոման Բերեզովսկու հեռանալուց հետո հավաքականի ավագը: Մխիթարյանը 2009թ.-ին Մետալուրգի կազմում իր առաջին խաղում խփել է իր անդրանիկ գոլը, երբ Մետալուրգը հաղթեց Բելառուսական Մինսկին:
2010-11թթ.Դոնենցկի Շախտյորը 7.5մլն դոլարով գնում է Մխիթարյանին: Մխիթարյանն իր նորամուտը նշեց Սեմտեմբերի 10-ին Օբոլոն Կիևի հետ արտագնա խաղում:
2013թ.ամռանը Մխիթարյանը Շախտյորից տեղափոխվեց Բորուսսիա Դորտմունդ:
Մխիրարյանին Բորուսսիան գնեց 27.5 մլն եվրոյով , որը դարձավ այդ տարվա Դորտմունդի ամենաթանկարժեք տրանսֆերը:Մխիթարյանը 2015թ. հուլիսի 6-ին տեղափոխվեց Մանչեստր Յունայթեդ:Նրա տրանսֆերը Մանչեստրի համար արժեցավ 42մլն եվրո, որով Մխիթարյանը դարձավ հետխորհրդային տարածաշրջանի երկրների ամենաթանկ ֆուտբոլիստը: Մխիթարյանը մինչ օրս էլ հանդես է գալիս Ման. Յունայթեդում: Հենրիխը, ի դեպ, Մանչեստրի կազմում դարձել է 2016թ. դեկտեմբեր ամսվա լավագույն ֆուտբոլիստը և լավագույն գոլի հեղինակը: Գոլը հեղինակել է Սանդերլենդի դարպասը ուղարկած կարիճ հարվածով: Ի դեպ, նշենք ,որ Մանչեստրը այդ խաղը հաղթեց 3-1 հաշվով:
Ինձագի․ Մխիթարյանի անհավանական սեյվը խորհրդանշական է այս թիմի համար (տեսանյութ) 
