Մհեր Մկրտչյանը ծնվել է Գյումրիում 1930 թվականին։ Հայրը ծագումով մշեցի էր, իսկ մայրը՝ վանեցի։

Գյումրիում սովորել է նկարչական ու երաժշտական դպրոցներում, միաժամանակ հաճախել է թատերական ինքնագործ խմբակ։ 1945-46 թվականններին սովորել է Մռավյանի անվան թատրոնին կից ստուդիայում, ավարտելուց հետո, 1947 թվականին ընդգրկվել է նույն թատրոնի հիմնական խմբի մեջ։ Այս թատրոնում Մհերը խաղացել է տասնյակից ավելի մեծ ու փոքր դերեր՝ ցուցաբերելով իր տարիքի համար անսովոր վարպետություն։

1953 թ-ին նա տեղափոխվեց Սունդուկյանի անվան թատրոն, սովորում էր գեղարվեստաթատերական ինստիտուտում (ղեկավար՝ Վ. Վաղարշյան)։

1959 թ-ին ռեժիսոր Համասի Մարտիրոսյանը նրան հրավիրեց նկարահանվելու «01-99» կարճամետրաժ ֆիլմում, որտեղ էլ Մհերը ստեղծեց հյութեղ մի կերպար, որը մինչև այժմ էլ հանդիսատեսը չի մոռանում։

Բարձր մասնագիտացումը, կերպարին ազգային դեմք ու դիմագիծ հաղորդելու կարողությունը, էկրանի ճշմարիտ զգացողությունն ու շատ այլ հատկանիշներ Մհեր Մկրտչյանին հնարավորություն տվեցին դասվելու կինոարվեստի ինքնատիպ անունների շարքում։ Այդ ամենը հիանալի դրսևորվեցին Արսեն («Նվագախմբի տղաները»), Գասպար («Եռանկյունի»), Իշխան («Մենք ենք, մեր սարերը»), Հայրիկ («Հայրիկ»), Ամիրո («Նահապետ»), Գրիգոր աղա («Կտոր մը երկինք»), Իսայի («Խաթաբալա») դերերում։

Մհեր Մկրտչյանը եթե «Հայֆիլմում» հաջողությամբ մարմնավորում էր դրամատիկական կերպարներ, ինչպես Նիկոլը («Հին օրերի երգը»), ապա այլ կինոստուդիաները նրան հրավիրում էին բացառապես կատակերգական դերերի համար։ Նա նկարահանվեց «Կովկասի գերուհին», «Այբոլիտ-66», «Միմինո», «Ալի բաբան և քառասուն ավազակները», «Ունայնություն ունայնության» ժապավեններում, որոնցում խաղացված դերակատարումները գնահատվեցին պետական բարձր պարգևներով։

Մհեր Մկրտչյանը մահացել է 1993 թվականին։ Գյումրիում գործում է Մհեր Մկրտչյանի թանգարանը, որտեղ կան հարուստ նյութեր դերասանի կյանքի, ստեղծագործության վերաբերյալ, ինչպես նաև նրա անձնական իրերից